Sau khi chiến tranh kết thúc, việc tái thiết đất nước đã bị cản trở bởi hai phe phái lớn trong triều đình. Phái Đông Nhân có thể lực lớn sau chiến tranh, với nhiều người trong số đó được ca ngợi là những anh hùng quân sự. Sau đó, phái Đông Nhân lại bị chia rẽ giữa những người vào trước và sau, các cuộc tranh giành của những phe phái trở nên thậm chí còn mạnh mẽ hơn. Tuyên Tổ chán nản, không màng đến chính sự nên để cho Quang Hải Quân giải quyết thay mình. Tuy nhiên, khi Nhân Mục Vương hậu sinh được vương tử cho nhà vua, vấn đề kế vị lại trở thành một sự tranh chấp giữa các phe phái trong triều, vì Quang Hải Quân là con của một hậu cung.

Năm 1608, ngày 1 tháng 2, Tuyên Tổ đại vương thăng hà ở Đức Thọ Cung, hưởng thọ 56 tuổi. Ông được an táng ở Mục Lăng (穆陵), miếu hiệu là Tuyên Tông (宣宗), thụy hiệu ngắn gọn là Chiêu Kính Thánh Duệ Đạt Hiếu Đại Vương (昭敬聖睿達孝大王). Sau khi cháu nội ông là Triều Tiên Nhân Tổ lên ngôi, ông được đổi miếu hiệu thành Tuyên Tổ, cách gọi mà ngày nay gọi ông.